El monasterio de Santa Maria de Gualter fue una iniciativa del conde de Urgell Ermengol IV, quien, en el año 1076, propuso su construcción y le proporcionó una importante dotación patrimonial. Inicialmente, la comunidad era un antiguo priorato benedictino que dependía del monasterio de Santa Maria de Ripoll. La iglesia románica data de 1207 y fue consagrada bajo las advocaciones de Santa María, San Pedro y San Nicolás. También en esta ocasión el monasterio fue objeto de generosas donaciones condales por parte de Ermengol VIII.
El templo sufrió los efectos de la Guerra Civil española, época en la que fue utilizado como polvorín, y sufrió graves desperfectos durante la retirada de las tropas republicanas.